Хондроитин способствует активной регенерации хряща. Он является хондропротективным средством ("хондропротеция" означает защиту хряща).
Особенностью хондроитина среди протеогликанов является его способность сохранения воды в толще хряща в виде водных полостей (микропространства — водные подушки), создающие хорошую амортизацию и поглощающие удары, что в итоге повышает прочность соединительной ткани. Важным действием хондроитина является его способность угнетать действие специфических ферментов, разрушающих соединительную ткань, в том числе лизосомальных ферментов, высвобождающихся в результате разрушения хондроцитов (эластаза, пептидаза, катепсин, интерлейкин-1 и др.).